No dia 31 de março, tropas saídas de Minas Gerais e São Paulo avançaram sobre o Rio, onde o governo tinha o apoio das Forças Armadas. Para evitar a guerra civil, Goulart refugiou-se no Uruguai. No dia 1º de abril, o Congresso Nacional declarou a vacância da Presidência. Era a consumação do golpe que levou à ditadura mais longa que o País já vivenciou. Autoridades militares assumiram o poder. Em 9 de abril, foi decretado o Ato Institucional nº 1 (AI-1), que cassou mandatos, suspendeu a imunidade parlamentar e os direitos políticos e acabou com as garantias de vitaliciedade dos magistrados e a estabilidade dos funcionários públicos. O período de ditadura foi marcado por autoritarismo, supressão dos direitos constitucionais, perseguição policial e militar, prisão e tortura dos opositores e pela censura prévia aos meios de comunicação.
A crise político-institucional começou com a renúncia do presidente Jânio Quadros, em 1961. Agravou-se durante o governo João Goulart, com o crescimento do populismo político do Partido Trabalhista Brasileiro (PTB), as mobilizações de organizações de esquerda e a reação da direita conservadora. Goulart mobilizou as massas trabalhadoras em torno das chamadas reformas de base, que alterariam as relações econômicas e sociais no País. Isso levou o empresariado, parte da Igreja Católica, a oficialidade militar e os partidos de oposição, liderados pela União Democrática Nacional (UDN) e pelo Partido Social Democrático (PSD), a acusar o presidente de preparar um golpe comunista. Além disso, responsabilizaram o presidente pela carestia e pelo desabastecimento. No dia 13 de março de 1964, o governo promoveu um grande comício em frente à estação ferroviária Central do Brasil, no Rio de Janeiro, em favor das reformas de base. Os conservadores reagiram com uma manifestação em São Paulo, a Marcha da Família com Deus pela Liberdade, em 19 de março. A tensão cresceu a ponto de ficar insustentável, culinando com o golpe.
O regime militar se estendeu até a eleição indireta do presidente Tancredo Neves pelo Congresso Nacional, morto antes de assumir. O vice José Sarney assumiu a presidência no lugar de Tancredo, em 1985, e inaugurou a volta dos civis ao governo.